Các bộ phận của cây quýt gai được dùng làm thuốc phổ biến theo kinh nghiệm dân gian với nhiều công dụng tốt. Rễ: thu hái quanh năm, tốt nhất là vào mùa thu, rửa sạch, rễ nhỏ để nguyên, rễ to chỉ lấy vỏ. Chữa phong thấp, đau xương,…